Changes in / [37d6222:9f59af6] in flexpart.git


Ignore:
Location:
src
Files:
12 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • src/FLEXPART.f90

    ra9cf4b1 r0c00f1f  
    5252  use com_mod
    5353  use conv_mod
    54 
     54  use netcdf_output_mod, only: writeheader_netcdf
    5555  use random_mod, only: gasdev1
    5656  use class_gribfile
    57 
    58 #ifdef USE_NCF
    59   use netcdf_output_mod, only: writeheader_netcdf
    60 #endif
    6157
    6258  implicit none
    … …  
    356352  !******************************************************************
    357353
    358 #ifdef USE_NCF
    359354  if (lnetcdfout.eq.1) then
    360355    call writeheader_netcdf(lnest=.false.)
    … …  
    370365    endif
    371366  endif
    372 #endif
    373367
    374368  if (verbosity.gt.0) then

  • src/FLEXPART_MPI.f90

    r20963b1 r0c00f1f  
    5353  use conv_mod
    5454  use mpi_mod
     55  use netcdf_output_mod, only: writeheader_netcdf
    5556  use random_mod, only: gasdev1
    5657  use class_gribfile
    57 
    58 #ifdef USE_NCF
    59   use netcdf_output_mod, only: writeheader_netcdf
    60 #endif
    6158
    6259  implicit none
    … …  
    6764  integer :: metdata_format = GRIBFILE_CENTRE_UNKNOWN
    6865  integer :: detectformat
    69   integer(selected_int_kind(16)), dimension(maxspec) :: tot_b=0, &
    70        & tot_i=0
     66
    7167
    7268
    … …  
    207203
    208204  if (metdata_format.eq.GRIBFILE_CENTRE_ECMWF) then
    209     if (lroot) print *,'ECMWF metdata detected'
     205    print *,'ECMWF metdata detected'
    210206  elseif (metdata_format.eq.GRIBFILE_CENTRE_NCEP) then
    211     if (lroot) print *,'NCEP metdata detected'
     207    print *,'NCEP metdata detected'
    212208  else
    213     if (lroot) print *,'Unknown metdata format'
     209    print *,'Unknown metdata format'
    214210    stop
    215211  endif
    … …  
    382378
    383379  if (mp_measure_time) call mpif_mtime('iotime',0)
    384 
    385380  if (lroot) then ! MPI: this part root process only
    386 #ifdef USE_NCF
    387     if (lnetcdfout.eq.1) then
    388       call writeheader_netcdf(lnest=.false.)
    389     else
    390       call writeheader
    391     end if
    392    
    393     if (nested_output.eq.1) then
    394       if (lnetcdfout.eq.1) then
    395         call writeheader_netcdf(lnest=.true.)
    396       else
    397         call writeheader_nest
    398       endif
    399     endif
    400 #endif
    401 
     381
     382  if (lnetcdfout.eq.1) then
     383    call writeheader_netcdf(lnest=.false.)
     384  else
     385    call writeheader
     386  end if
     387
     388  if (nested_output.eq.1) then
     389    if (lnetcdfout.eq.1) then
     390      call writeheader_netcdf(lnest=.true.)
     391    else
     392      call writeheader_nest
     393    endif
     394  endif
     395
     396!
    402397    if (verbosity.gt.0) then
    403398      print*,'call writeheader'
    … …  
    407402! FLEXPART 9.2 ticket ?? write header in ASCII format
    408403    call writeheader_txt
    409 
     404!if (nested_output.eq.1) call writeheader_nest
    410405    if (nested_output.eq.1.and.surf_only.ne.1) call writeheader_nest
    411406    if (nested_output.eq.1.and.surf_only.eq.1) call writeheader_nest_surf
    … …  
    414409
    415410  if (mp_measure_time) call mpif_mtime('iotime',0)
     411
     412  !open(unitdates,file=path(2)(1:length(2))//'dates')
    416413
    417414  if (verbosity.gt.0 .and. lroot) then
    … …  
    484481
    485482! NIK 16.02.2005
    486   if (mp_partgroup_pid.ge.0) then ! Skip for readwind process
    487     call MPI_Reduce(tot_blc_count, tot_b, nspec, MPI_INTEGER8, MPI_SUM, id_root, &
     483  if (lroot) then
     484    call MPI_Reduce(MPI_IN_PLACE, tot_blc_count, nspec, MPI_INTEGER8, MPI_SUM, id_root, &
    488485         & mp_comm_used, mp_ierr)
    489     call MPI_Reduce(tot_inc_count, tot_i, nspec, MPI_INTEGER8, MPI_SUM, id_root, &
     486    call MPI_Reduce(MPI_IN_PLACE, tot_inc_count, nspec, MPI_INTEGER8, MPI_SUM, id_root, &
    490487         & mp_comm_used, mp_ierr)
     488  else
     489    if (mp_partgroup_pid.ge.0) then ! Skip for readwind process
     490      call MPI_Reduce(tot_blc_count, 0, nspec, MPI_INTEGER8, MPI_SUM, id_root, &
     491           & mp_comm_used, mp_ierr)
     492      call MPI_Reduce(tot_inc_count, 0, nspec, MPI_INTEGER8, MPI_SUM, id_root, &
     493           & mp_comm_used, mp_ierr)
     494    end if
    491495  end if
    492  
    493496
    494497  if (lroot) then
    … …  
    497500      write(*,*) 'Scavenging statistics for species ', species(i), ':'
    498501      write(*,*) 'Total number of occurences of below-cloud scavenging', &
    499            & tot_b(i)
    500 !           & tot_blc_count(i)
     502           & tot_blc_count(i)
    501503      write(*,*) 'Total number of occurences of in-cloud    scavenging', &
    502            & tot_i(i)
    503 !           & tot_inc_count(i)
     504           & tot_inc_count(i)
    504505      write(*,*) '**********************************************'
    505506    end do

  • src/concoutput.f90

    r20963b1 r08a38b5  
    140140  close(unitdates) 
    141141
    142   ! Overwrite existing dates file on first call, later append to it
    143   ! This fixes a bug where the dates file kept growing across multiple runs
    144142  IF (init) THEN
    145143    file_stat='OLD'
    … …  
    315313                   drygridsigma(ix,jy)* &
    316314                   sqrt(real(nclassunc))
    317               drygridsigmatotal=drygridsigmatotal+ &
     315125           drygridsigmatotal=drygridsigmatotal+ &
    318316                   drygridsigma(ix,jy)
    319317            endif

  • src/concoutput_mpi.f90

    r20963b1 r6a678e3  
    104104  real,parameter :: weightair=28.97
    105105  logical :: sp_zer
    106   logical,save :: init=.true.
     106  LOGICAL,save :: init=.true.
    107107  character :: adate*8,atime*6
    108108  character(len=3) :: anspec
    … …  
    113113  integer :: ierr
    114114  character(LEN=100) :: dates_char
     115!  character :: dates_char
    115116
    116117! Measure execution time
    … …  
    128129! This fixes a bug where the dates file kept growing across multiple runs
    129130
    130 ! If 'dates' file exists in output directory, make a backup
     131! If 'dates' file exists, make a backup
    131132  inquire(file=path(2)(1:length(2))//'dates', exist=ldates_file)
    132133  if (ldates_file.and.init) then
    … …  
    257258
    258259    write(anspec,'(i3.3)') ks
    259 
    260     if (DRYBKDEP.or.WETBKDEP) then !scavdep output
    261       if (DRYBKDEP) &
    262       open(unitoutgrid,file=path(2)(1:length(2))//'grid_drydep_'//adate// &
     260    if ((iout.eq.1).or.(iout.eq.3).or.(iout.eq.5)) then
     261      if (ldirect.eq.1) then
     262        open(unitoutgrid,file=path(2)(1:length(2))//'grid_conc_'//adate// &
     263             atime//'_'//anspec,form='unformatted')
     264      else
     265        open(unitoutgrid,file=path(2)(1:length(2))//'grid_time_'//adate// &
     266             atime//'_'//anspec,form='unformatted')
     267      endif
     268      write(unitoutgrid) itime
     269    endif
     270
     271    if ((iout.eq.2).or.(iout.eq.3)) then      ! mixing ratio
     272      open(unitoutgridppt,file=path(2)(1:length(2))//'grid_pptv_'//adate// &
    263273           atime//'_'//anspec,form='unformatted')
    264       if (WETBKDEP) &
    265       open(unitoutgrid,file=path(2)(1:length(2))//'grid_wetdep_'//adate// &
    266            atime//'_'//anspec,form='unformatted')
    267       write(unitoutgrid) itime
    268     else
    269       if ((iout.eq.1).or.(iout.eq.3).or.(iout.eq.5)) then
    270         if (ldirect.eq.1) then
    271           open(unitoutgrid,file=path(2)(1:length(2))//'grid_conc_'//adate// &
    272                atime//'_'//anspec,form='unformatted')
    273         else
    274           open(unitoutgrid,file=path(2)(1:length(2))//'grid_time_'//adate// &
    275                atime//'_'//anspec,form='unformatted')
    276         endif
    277         write(unitoutgrid) itime
    278       endif
    279 
    280       if ((iout.eq.2).or.(iout.eq.3)) then      ! mixing ratio
    281         open(unitoutgridppt,file=path(2)(1:length(2))//'grid_pptv_'//adate// &
    282              atime//'_'//anspec,form='unformatted')
    283 
    284         write(unitoutgridppt) itime
    285       endif
    286     endif ! if deposition output
     274
     275      write(unitoutgridppt) itime
     276    endif
    287277
    288278    do kp=1,maxpointspec_act
    … …  
    364354! Concentration output
    365355!*********************
    366         if ((iout.eq.1).or.(iout.eq.3).or.(iout.eq.5).or.(iout.eq.6)) then
     356        if ((iout.eq.1).or.(iout.eq.3).or.(iout.eq.5)) then
    367357
    368358! Wet deposition
    … …  
    459449                  endif
    460450                  sp_count_r=sp_count_r+1
    461                   if (lparticlecountoutput) then
    462                     sparse_dump_r(sp_count_r)= &
    463                          sp_fact* &
    464                          grid(ix,jy,kz)
    465                   else
    466451                  sparse_dump_r(sp_count_r)= &
    467452                       sp_fact* &
    468453                       grid(ix,jy,kz)* &
    469454                       factor3d(ix,jy,kz)/tot_mu(ks,kp)
    470                   end if
    471 
    472 
    473455!                 if ((factor(ix,jy,kz)/tot_mu(ks,kp)).eq.0)
    474456!    +              write (*,*) factor(ix,jy,kz),tot_mu(ks,kp),ks,kp
    … …  
    656638!*************************
    657639
    658   creceptor(:,:)=0.
    659   gridunc(:,:,:,:,:,:,:)=0.
     640  do ks=1,nspec
     641    do kp=1,maxpointspec_act
     642      do i=1,numreceptor
     643        creceptor(i,ks)=0.
     644      end do
     645      do jy=0,numygrid-1
     646        do ix=0,numxgrid-1
     647          do l=1,nclassunc
     648            do nage=1,nageclass
     649              do kz=1,numzgrid
     650                gridunc(ix,jy,kz,ks,kp,l,nage)=0.
     651              end do
     652            end do
     653          end do
     654        end do
     655      end do
     656    end do
     657  end do
    660658
    661659  if (mp_measure_time) call mpif_mtime('rootonly',1)

  • src/getfields_mpi.f90

    r20963b1 r6ecb30a  
    23323340  indmin=indj
    234234
    235    if (WETBKDEP.and.(lmpreader.or.(.not.lmp_use_reader.and.lroot))) then
    236         call writeprecip(itime,memind(1))
    237       endif
    238 
    239235  else
    240236
    … …  
    29128760  indmin=indj
    292288
    293 !   if (WETBKDEP.and.lroot) then
    294     if (WETBKDEP.and.(lmpreader.or.(.not.lmp_use_reader.and.lroot))) then
    295       call writeprecip(itime,memind(1))
    296     endif
     289    mind3=memstat
    297290
    298291  endif

  • src/makefile

    ra9cf4b1 rccc9ec2  
    3131#      make [-j] mpi-dbg
    3232#
    33 #  NETCDF OUTPUT
    34 #    To add support for output in netCDF format, append `ncf=yes` to the
    35 #    `make` command
    36 #
    3733################################################################################
    3834
    … …  
    6157        INCPATH2  = ${ROOT_DIR}/include
    6258        LIBPATH1 = ${ROOT_DIR}/lib
    63 else
     59
     60else #ifeq ($(gcc), 5.4)
    6461# Compiled libraries under user ~flexpart, gfortran v5.4
    6562        ROOT_DIR = /homevip/flexpart/
    … …  
    7168        INCPATH2  = /usr/include
    7269        LIBPATH1 = ${ROOT_DIR}/gcc-5.4.0/lib
     70
     71#else
     72# Default: System libraries at NILU, gfortran v4.6
     73#       F90       = /usr/bin/gfortran
     74#       MPIF90    = /usr/bin/mpif90.openmpi
     75
     76#       INCPATH1 = /xnilu_wrk/projects/FLEXPART/flex_wrk/bin64/grib_api/include
     77#       INCPATH2 = /usr/include
     78#       LIBPATH1 = /xnilu_wrk/projects/FLEXPART/flex_wrk/bin64/grib_api/lib
    7379endif
    74 
    75 
    76 ### Enable netCDF output?
    77 ifeq ($(ncf), yes)
    78         NCOPT = -DUSE_NCF -lnetcdff     
    79 else
    80         NCOPT = -UUSE_NCF
    81 endif
    82 
    8380
    8481
    … …  
    9289
    9390## LIBRARIES
    94 #LIBS = -lgrib_api_f90 -lgrib_api -lm -ljasper -lnetcdff
    95 LIBS = -lgrib_api_f90 -lgrib_api -lm -ljasper $(NCOPT)
    96 
    97 FFLAGS   = -I$(INCPATH1) -I$(INCPATH2) -O$(O_LEV) -g -cpp -m64 -mcmodel=medium -fconvert=little-endian -frecord-marker=4 -fmessage-length=0 -flto=jobserver -O$(O_LEV) $(NCOPT) $(FUSER)  #-Warray-bounds -fcheck=all # -march=native
    98 
    99 DBGFLAGS = -I$(INCPATH1) -I$(INCPATH2) -O$(O_LEV_DBG) -g3 -ggdb3 -cpp -m64 -mcmodel=medium -fconvert=little-endian -frecord-marker=4 -fmessage-length=0 -flto=jobserver -O$(O_LEV_DBG) $(NCOPT) -fbacktrace   -Wall  -fdump-core $(FUSER)  #  -ffpe-trap=invalid,overflow,denormal,underflow,zero  -Warray-bounds -fcheck=all
     91LIBS = -lgrib_api_f90 -lgrib_api -lm -ljasper -lnetcdff # -fopenmp
     92
     93FFLAGS   = -I$(INCPATH1) -I$(INCPATH2) -O$(O_LEV) -g -cpp -m64 -mcmodel=medium -fconvert=little-endian -frecord-marker=4 -fmessage-length=0 -flto=jobserver -O$(O_LEV) $(FUSER)  #-Warray-bounds -fcheck=all # -march=native
     94
     95DBGFLAGS = -I$(INCPATH1) -I$(INCPATH2) -O$(O_LEV_DBG) -g3 -ggdb3 -cpp -m64 -mcmodel=medium -fconvert=little-endian -frecord-marker=4 -fmessage-length=0 -flto=jobserver -O$(O_LEV_DBG) -fbacktrace   -Wall  -fdump-core $(FUSER)  #  -ffpe-trap=invalid,overflow,denormal,underflow,zero  -Warray-bounds -fcheck=all
    10096
    10197LDFLAGS  = $(FFLAGS) -L$(LIBPATH1) -Wl,-rpath,$(LIBPATH1) $(LIBS) #-L$(LIBPATH2)
    … …  
    143139        getfields_mpi.o \
    144140        readwind_ecmwf_mpi.o
    145 
    146 OBJECTS_NCF = netcdf_output_mod.o
    147141
    148142OBJECTS = \
    … …  
    202196dynamic_viscosity.o     get_settling.o  \
    203197initialize_cbl_vel.o    re_initialize_particle.o \
    204 cbl.o
    205 
    206 ifeq ($(ncf), yes)
    207         OBJECTS := $(OBJECTS) $(OBJECTS_NCF)
    208 endif
     198cbl.o                   netcdf_output_mod.o
    209199
    210200%.o: %.mod

  • src/readOHfield.f90

    r3f149cc rd7aab4b  
    2222subroutine readOHfield
    2323
    24 !*****************************************************************************
    25 !                                                                            *
    26 ! Reads the OH field into memory                                             *
    27 !                                                                            *
    28 ! AUTHOR: R.L. Thompson, Nov 2014                                            *
    29 !                                                                            *
    30 ! UPDATES:                                                                   *
    31 !   03/2018 SEC: Converted original netCDF files to binary format            *
    32 !*****************************************************************************
    33 !                                                                            *
    34 ! Variables:                                                                 *
    35 !                                                                            *
    36 ! path(numpath)              contains the path names                         *
    37 ! lonOH(nxOH)                longitude of OH fields                          *
    38 ! latOH(nyOH)                latitude of OH fields                           *
    39 ! altOH(nzOH)                altitude of OH fields                           *
    40 ! etaOH(nzOH)                eta-levels of OH fields                         *
    41 ! OH_field(nxOH,nyOH,nzOH,m) OH concentration (molecules/cm3)                *
    42 !                                                                            *
    43 !                                                                            *
    44 !*****************************************************************************
     24  !*****************************************************************************
     25  !                                                                            *
     26  ! Reads the OH field into memory                                             *
     27  !                                                                            *
     28  ! AUTHOR: R.L. Thompson, Nov 2014                                            *
     29  !                                                                            *
     30  !*****************************************************************************
     31  !                                                                            *
     32  ! Variables:                                                                 *
     33  !                                                                            *
     34  ! path(numpath)              contains the path names                         *
     35  ! lonOH(nxOH)                longitude of OH fields                          *
     36  ! latOH(nyOH)                latitude of OH fields                           *
     37  ! altOH(nzOH)                altitude of OH fields                           *
     38  ! etaOH(nzOH)                eta-levels of OH fields                         *
     39  ! OH_field(nxOH,nyOH,nzOH,m) OH concentration (molecules/cm3)                *
     40  !                                                                            *
     41  !                                                                            *
     42  !*****************************************************************************
    4543
    4644  use oh_mod
    … …  
    5048  implicit none
    5149
    52   integer :: i,j,k,l,ierr
     50  include 'netcdf.inc'
     51
     52  character(len=150) :: thefile
     53  character(len=2) :: mm
     54  integer :: nid,ierr,xid,yid,zid,vid,m
    5355  real, dimension(:), allocatable :: etaOH
    5456
    … …  
    5961  real, parameter :: scalehgt=7000. ! scale height in metres
    6062
    61 
    62   open(unitOH,file=trim(ohfields_path) &
    63        //'OH_FIELDS/OH_variables.bin',status='old', &
    64        form='UNFORMATTED', iostat=ierr, convert='little_endian')
    65 
    66   if(ierr.ne.0) then
    67     write(*,*) 'Cannot read binary OH fields in ',trim(ohfields_path)//'OH_FIELDS/OH_variables.bin'
    68     stop
    69   endif
    70 
    71   read(unitOH) nxOH
    72   read(unitOH) nyOH
    73   read(unitOH) nzOH
    74   write(*,*) nxOH,nyOH,nzOH
    75 
    76 ! allocate variables
    77   allocate(lonOH(nxOH))
    78   allocate(latOH(nyOH))
    79   allocate(etaOH(nzOH))
    80   allocate(altOH(nzOH))
    81   allocate(OH_field(nxOH,nyOH,nzOH,12))
    82   allocate(OH_hourly(nxOH,nyOH,nzOH,2))
    83 
    84   read(unitOH) (lonjr(i),i=1,360)
    85   read(unitOH) (latjr(i),i=1,180)
    86   read(unitOH) (((jrate_average(i,j,k),i=1,360),j=1,180),k=1,12)
    87   read(unitOH) (lonOH(i),i=1,nxOH)
    88   read(unitOH) (latOH(i),i=1,nyOH)
    89   read(unitOH) (lonOH(i),i=1,nxOH)
    90 
    91   read(unitOH) (altOH(i),i=1,nzOH)
    92   read(unitOH) ((((OH_field(i,j,k,l),i=1,nxOH),j=1,nyOH),k=1,nzOH),l=1,12)
    93   read(unitOH) ((((OH_hourly(i,j,k,l),i=1,nxOH),j=1,nyOH),k=1,nzOH),l=1,2)
     63  ! Read OH fields and level heights
     64  !********************************
     65
     66  do m=1,12
     67 
     68    ! open netcdf file
     69    write(mm,fmt='(i2.2)') m
     70!    thefile=trim(path(1))//'OH_FIELDS/'//'geos-chem.OH.2005'//mm//'01.nc'
     71    thefile=trim(ohfields_path)//'OH_FIELDS/'//'geos-chem.OH.2005'//mm//'01.nc'
     72    ierr=nf_open(trim(thefile),NF_NOWRITE,nid)
     73    if(ierr.ne.0) then
     74      write (*,*) 'The OH field at: '//thefile// ' could not be opened'
     75      write (*,*) 'please copy the OH fields there, or change the path in the'
     76      write (*,*) 'COMMAND namelist!'
     77      write(*,*) nf_strerror(ierr)
     78      stop
     79    endif
     80
     81    ! inquire about variables
     82    ierr=nf_inq_dimid(nid,'Lon-000',xid)
     83    if(ierr.ne.0) then
     84      write(*,*) nf_strerror(ierr)
     85      stop
     86    endif
     87    ierr=nf_inq_dimid(nid,'Lat-000',yid)
     88    if(ierr.ne.0) then
     89      write(*,*) nf_strerror(ierr)
     90      stop
     91    endif
     92    ierr=nf_inq_dimid(nid,'Alt-000',zid)
     93    if(ierr.ne.0) then
     94      write(*,*) nf_strerror(ierr)
     95      stop
     96    endif
     97
     98    if(m.eq.1) then
     99
     100      ! read dimension sizes
     101      ierr=nf_inq_dimlen(nid,xid,nxOH)
     102      if(ierr.ne.0) then
     103        write(*,*) nf_strerror(ierr)
     104        stop
     105      endif
     106      ierr=nf_inq_dimlen(nid,yid,nyOH)
     107      if(ierr.ne.0) then
     108        write(*,*) nf_strerror(ierr)
     109        stop
     110      endif
     111      ierr=nf_inq_dimlen(nid,zid,nzOH)
     112      if(ierr.ne.0) then
     113        write(*,*) nf_strerror(ierr)
     114        stop
     115      endif 
     116
     117      ! allocate variables
     118      allocate(lonOH(nxOH))
     119      allocate(latOH(nyOH))
     120      allocate(etaOH(nzOH))
     121      allocate(altOH(nzOH))
     122      allocate(OH_field(nxOH,nyOH,nzOH,12))
     123      allocate(OH_hourly(nxOH,nyOH,nzOH,2))
     124
     125      ! read dimension variables
     126      ierr=nf_inq_varid(nid,'LON',xid)
     127      ierr=nf_get_var_real(nid,xid,lonOH)
     128      if(ierr.ne.0) then
     129        write(*,*) nf_strerror(ierr)
     130        stop
     131      endif
     132      ierr=nf_inq_varid(nid,'LAT',yid)
     133      ierr=nf_get_var_real(nid,yid,latOH)
     134      if(ierr.ne.0) then
     135        write(*,*) nf_strerror(ierr)
     136        stop
     137      endif
     138      ierr=nf_inq_varid(nid,'ETAC',zid)
     139      ierr=nf_get_var_real(nid,zid,etaOH)
     140      if(ierr.ne.0) then
     141        write(*,*) nf_strerror(ierr)
     142        stop
     143      endif
     144
     145      ! convert eta-level to altitude (assume surface pressure of 1010 hPa)
     146      altOH=log(1010./(etaOH*1010.))*scalehgt
     147
     148    endif ! m.eq.1
     149
     150    ! read OH_field
     151    ierr=nf_inq_varid(nid,'CHEM-L_S__OH',vid)
     152    ierr=nf_get_var_real(nid,vid,OH_field(:,:,:,m))
     153    if(ierr.ne.0) then
     154      write(*,*) nf_strerror(ierr)
     155      stop
     156    endif
     157
     158    ierr=nf_close(nid)
     159
     160  end do
     161 
     162  deallocate(etaOH)
     163
     164  ! Read J(O1D) photolysis rates
     165  !******************************** 
     166
     167  ! open netcdf file
     168!  thefile=trim(path(1))//'OH_FIELDS/jrate_average.nc'
     169  thefile=trim(ohfields_path)//'OH_FIELDS/jrate_average.nc'
     170  ierr=nf_open(trim(thefile),NF_NOWRITE,nid)
     171  if(ierr.ne.0) then
     172    write(*,*) nf_strerror(ierr)
     173    stop
     174  endif
     175
     176  ! read dimension variables
     177  ierr=nf_inq_varid(nid,'longitude',xid)
     178  ierr=nf_get_var_real(nid,xid,lonjr)
     179  if(ierr.ne.0) then
     180    write(*,*) nf_strerror(ierr)
     181    stop
     182  endif
     183  ierr=nf_inq_varid(nid,'latitude',yid)
     184  ierr=nf_get_var_real(nid,yid,latjr)
     185  if(ierr.ne.0) then
     186    write(*,*) nf_strerror(ierr)
     187    stop
     188  endif
     189
     190  ! read jrate_average
     191  ierr=nf_inq_varid(nid,'jrate',vid)
     192  ierr=nf_get_var_real(nid,vid,jrate_average)
     193  if(ierr.ne.0) then
     194    write(*,*) nf_strerror(ierr)
     195    stop
     196  endif
     197
     198  ierr=nf_close(nid)
     199
     200  return
    94201
    95202end subroutine readOHfield

  • src/readcommand.f90

    r20963b1 r01e6052  
    332332     case (3)  ! 3 .. wet deposition in outputfield
    333333        ind_rel = 3
    334         if (lroot) then
    335           write(*,*) ' #### FLEXPART WET DEPOSITION BACKWARD MODE    #### '
    336           write(*,*) ' #### Releaseheight is forced to 0 - 20km      #### '
    337           write(*,*) ' #### Release is performed above ground lev    #### '
    338         end if
     334         write(*,*) ' #### FLEXPART WET DEPOSITION BACKWARD MODE    #### '
     335         write(*,*) ' #### Releaseheight is forced to 0 - 20km      #### '
     336         write(*,*) ' #### Release is performed above ground lev    #### '
    339337         WETBKDEP=.true.
    340338         allocate(xscav_frac1(maxpart,maxspec))
    341339     case (4)  ! 4 .. dry deposition in outputfield
    342340         ind_rel = 4
    343          if (lroot) then
    344            write(*,*) ' #### FLEXPART DRY DEPOSITION BACKWARD MODE    #### '
    345            write(*,*) ' #### Releaseheight is forced to 0 - 2*href    #### '
    346            write(*,*) ' #### Release is performed above ground lev    #### '
    347          end if
     341         write(*,*) ' #### FLEXPART DRY DEPOSITION BACKWARD MODE    #### '
     342         write(*,*) ' #### Releaseheight is forced to 0 - 2*href    #### '
     343         write(*,*) ' #### Release is performed above ground lev    #### '
    348344         DRYBKDEP=.true.
    349345         allocate(xscav_frac1(maxpart,maxspec))
    … …  
    396392  endif
    397393
    398 ! Check for netcdf output switch
    399 !*******************************
     394!  check for netcdf output switch (use for non-namelist input only!)
    400395  if (iout.ge.8) then
    401396     lnetcdfout = 1
    402397     iout = iout - 8
    403 #ifndef USE_NCF
    404      write(*,*) 'ERROR: netcdf output not activated during compile time but used in COMMAND file!'
    405      write(*,*) 'Please recompile with netcdf library (`make [...] ncf=yes`) or use standard output format.'
    406      stop
    407 #endif
     398! #ifndef NETCDF_OUTPUT
     399!      print*,'ERROR: netcdf output not activated during compile time but used in COMMAND file!'
     400!      print*,'Please recompile with netcdf library or use standard output format.'
     401!      stop
     402! #endif
    408403  endif
    409404

  • src/readwind_ecmwf_mpi.f90

    r20963b1 r61e07ba  
    103103
    104104  integer :: isec1(56),isec2(22+nxmax+nymax)
    105   real(sp) :: zsec4(jpunp)
    106   real(sp) :: xaux,yaux
    107   real(dp) :: xauxin,yauxin
    108   real(sp),parameter :: eps=1.e-4
    109   real(sp) :: nsss(0:nxmax-1,0:nymax-1),ewss(0:nxmax-1,0:nymax-1)
    110   real(sp) :: plev1,pmean,tv,fu,hlev1,ff10m,fflev1,conversion_factor
     105  real(kind=4) :: zsec4(jpunp)
     106  real(kind=4) :: xaux,yaux
     107  real(kind=8) :: xauxin,yauxin
     108  real,parameter :: eps=1.e-4
     109  real(kind=4) :: nsss(0:nxmax-1,0:nymax-1),ewss(0:nxmax-1,0:nymax-1)
     110  real :: plev1,pmean,tv,fu,hlev1,ff10m,fflev1,conversion_factor
    111111
    112112  logical :: hflswitch,strswitch !,readcloud
    … …  
    123123!ZHG test the grib fields that have lcwc without using them
    124124!  readcloud=.false.
    125 
     125!hg end
    126126  levdiff2=nlev_ec-nwz+1
    127127  iumax=0

  • src/releaseparticles_mpi.f90

    r20963b1 r16b61a5  
    216216              xmass1(ipart,k)=xmass(i,k)/real(npart(i)) &
    217217                   *timecorrect(k)/average_timecorrect
    218               if (DRYBKDEP.or.WETBKDEP) then ! if there is no scavenging in wetdepo it will be set to 0
    219 !              if ( henry(k).gt.0 .or. &
    220 !                   crain_aero(k).gt.0. .or. csnow_aero(k).gt.0. .or. &
    221 !                   ccn_aero(k).gt.0. .or. in_aero(k).gt.0. )  then
    222                 xscav_frac1(ipart,k)=-1.
    223                endif
     218!             write (*,*) 'xmass1: ',xmass1(ipart,k),ipart,k
    224219! Assign certain properties to particle
    225220!**************************************
    … …  
    371366!Af ind_rel is defined in readcommand.f
    372367
    373             if ((ind_rel .eq. 1).or.(ind_rel .eq. 3).or.(ind_rel .eq. 4)) then
     368            if (ind_rel .eq. 1) then
    374369
    375370! Interpolate the air density

  • src/timemanager.f90

    ra9cf4b1 rfe32dca  
    101101  use par_mod
    102102  use com_mod
    103 #ifdef USE_NCF
    104103  use netcdf_output_mod, only: concoutput_netcdf,concoutput_nest_netcdf,&
    105104       &concoutput_surf_netcdf,concoutput_surf_nest_netcdf
    106 #endif
    107105
    108106  implicit none
    … …  
    391389          if (surf_only.ne.1) then
    392390            if (lnetcdfout.eq.1) then
    393 #ifdef USE_NCF
    394391              call concoutput_netcdf(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,drygridtotalunc)
    395 #endif
    396392            else
    397393              call concoutput(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,drygridtotalunc)
    … …  
    403399             write(*,*) 'system clock',count_clock - count_clock0   
    404400            endif
    405             if (lnetcdfout.eq.1) then
    406 #ifdef USE_NCF
     401            if (lnetcdfout.eq.1) then
    407402              call concoutput_surf_netcdf(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,drygridtotalunc)
    408 #endif
    409403            else
    410404              call concoutput_surf(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,drygridtotalunc)
    … …  
    425419              endif
    426420            else
    427 #ifdef USE_NCF
    428421              if (surf_only.ne.1) then
    429422                call concoutput_nest_netcdf(itime,outnum)
    … …  
    431424                call concoutput_surf_nest_netcdf(itime,outnum)
    432425              endif
    433 #endif
    434426            endif
    435427          endif

  • src/timemanager_mpi.f90

    r20963b1 rd8eed02  
    102102  use com_mod
    103103  use mpi_mod
    104 #ifdef USE_NCF
    105104  use netcdf_output_mod, only: concoutput_netcdf,concoutput_nest_netcdf,&
    106105       &concoutput_surf_netcdf,concoutput_surf_nest_netcdf
    107 #endif
    108106
    109107  implicit none
    … …  
    115113  integer :: ip
    116114  integer :: loutnext,loutstart,loutend
    117   integer :: ix,jy,ldeltat,itage,nage,idummy
     115  integer :: ix,jy,ldeltat,itage,nage
    118116  integer :: i_nan=0,ii_nan,total_nan_intl=0  !added by mc to check instability in CBL scheme
    119117  integer :: numpart_tot_mpi ! for summing particles on all processes
    120   real :: outnum,weight,prob(maxspec), prob_rec(maxspec), decfact,wetscav
     118  real :: outnum,weight,prob(maxspec)
     119  real :: decfact
    121120
    122121  real(sp) :: gridtotalunc
    … …  
    124123       & drydeposit(maxspec)=0_dep_prec
    125124  real :: xold,yold,zold,xmassfract
    126   real :: grfraction(3)
    127125  real, parameter :: e_inv = 1.0/exp(1.0)
    128126
    … …  
    159157!CGZ-lifetime: set lifetime to 0
    160158
    161   if (.not.lusekerneloutput) write(*,*) 'Not using the kernel'
    162   if (turboff) write(*,*) 'Turbulence switched off'
    163159
    164160
    … …  
    485481            if (lroot) then
    486482              if (lnetcdfout.eq.1) then
    487 #ifdef USE_NCF
    488483                call concoutput_netcdf(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,&
    489484                     &drygridtotalunc)
    490 #endif
    491485              else
    492486                call concoutput(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,drygridtotalunc)
    … …  
    500494            if (lroot) then
    501495              if (lnetcdfout.eq.1) then
    502 #ifdef USE_NCF
    503496                call concoutput_surf_netcdf(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,&
    504497                     &drygridtotalunc)
    505 #endif
    506498              else
    507499                call concoutput_surf(itime,outnum,gridtotalunc,wetgridtotalunc,drygridtotalunc)
    … …  
    521513            call mpif_tm_reduce_grid_nest
    522514 
    523             if (mp_measure_time) call mpif_mtime('iotime',0)
     515           if (mp_measure_time) call mpif_mtime('iotime',0)
    524516
    525517            if (lnetcdfout.eq.0) then
    … …  
    534526              else  ! :TODO: check for zeroing in the netcdf module
    535527                call concoutput_surf_nest(itime,outnum)
     528
    536529              end if
     530
    537531            else
    538 #ifdef USE_NCF
     532
    539533              if (surf_only.ne.1) then
    540534                if (lroot) then             
    … …  
    550544                end if
    551545              endif
    552 #endif
     546
     547
    553548            end if
    554549          end if
     550         
     551
    555552          outnum=0.
    556553        endif
    … …  
    710707        zold=ztra1(j)
    711708
    712    
    713   ! RECEPTOR: dry/wet depovel
    714   !****************************
    715   ! Before the particle is moved
    716   ! the calculation of the scavenged mass shall only be done once after release
    717   ! xscav_frac1 was initialised with a negative value
    718 
    719       if  (DRYBKDEP) then
    720        do ks=1,nspec
    721          if  ((xscav_frac1(j,ks).lt.0)) then
    722             call get_vdep_prob(itime,xtra1(j),ytra1(j),ztra1(j),prob_rec)
    723             if (DRYDEPSPEC(ks)) then        ! dry deposition
    724                xscav_frac1(j,ks)=prob_rec(ks)
    725              else
    726                 xmass1(j,ks)=0.
    727                 xscav_frac1(j,ks)=0.
    728              endif
    729          endif
    730         enddo
    731        endif
    732 
    733        if (WETBKDEP) then
    734        do ks=1,nspec
    735          if  ((xscav_frac1(j,ks).lt.0)) then
    736             call get_wetscav(itime,lsynctime,loutnext,j,ks,grfraction,idummy,idummy,wetscav)
    737             if (wetscav.gt.0) then
    738                 xscav_frac1(j,ks)=wetscav* &
    739                        (zpoint2(npoint(j))-zpoint1(npoint(j)))*grfraction(1)
    740             else
    741                 xmass1(j,ks)=0.
    742                 xscav_frac1(j,ks)=0.
    743             endif
    744          endif
    745         enddo
    746        endif
    747 
    748709! Integrate Lagevin equation for lsynctime seconds
    749710!*************************************************
    … …  
    847808                 call initial_cond_calc(itime+lsynctime,j)
    848809            itra1(j)=-999999999
    849             if (verbosity.gt.0) then
    850               print*, 'terminated particle ',j,'for age'
    851             endif
     810            !print*, 'terminated particle ',j,'for age'
    852811          endif
    853812        endif
    … …  
    860819
    861820
    862 ! Counter of "unstable" particle velocity during a time scale
    863 ! of maximumtl=20 minutes (defined in com_mod)
    864 !************************************************************
     821! Added by mc: counter of "unstable" particle velocity during a time scale
     822!   of maximumtl=20 minutes (defined in com_mod)
     823
    865824    total_nan_intl=0
    866825    i_nan=i_nan+1 ! added by mc to count nan during a time of maxtl (i.e. maximum tl fixed here to 20 minutes, see com_mod)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.
hosted by ZAMG